Le Centre de Ressources Biologiques Arabidopsis de Versailles (VASC) présente de nouvelles ressources

Différentes collections d'accessions naturelles françaises représentant la diversité multi-échelle de l'espèce (nationale, régionale et locale) sont désormais disponibles.
Des résultats récents soulignent qu'arabidopsis, à l'origine principalement un modèle de biologie fonctionnelle, est également une espèce précieuse pour mener des études de biologie des populations, grâce à des centaines de génotypes collectés dans de nombreuses populations à différentes échelles. Dans cette optique, le CRB VASC distribue un ensemble d'accessions naturelles françaises échantillonnées au niveau national, régional et local. La disponibilité des séquences génomiques et la caractérisation écologique de leurs habitats d'origine ajoutent une valeur considérable à ces ressources.

À l'échelle nationale, 800 individus ont été collectés dans 49 peuplements naturels situés dans quatre régions climatiques contrastées de France (Bretagne : océanique ; Bourgogne : continentale ; Languedoc : méditerranéenne ; nord de la France : semi-océanique)¹. Les plantes ont été caractérisées génétiquement à l'aide de 135 marqueurs SNP, phénologiquement pour six traits couvrant le cycle de vie annuel de la plante, et écologiquement pour 42 variables. Ces populations locales sont génétiquement polymorphes et peuvent être très polymorphes au niveau phénotypique, certaines couvrant presque toute la gamme mondiale de variation phénologique.

À l'échelle régionale, 458 individus ont été prélevés aléatoirement dans 168 populations naturelles situées dans le sud-ouest de la France et occupant des habitats écologiquement contrastés, en particulier trois climats contrastés (climat océanique, climat méditerranéen et climat montagnard) ². Les 168 populations géolocalisées ont été caractérisées pour un ensemble unique de facteurs écologiques, notamment le climat, les propriétés édaphiques, les communautés bactériennes (sol, racines et feuilles), les communautés végétales et les activités humaines, y compris l'urbanisation ^3,2,4,5. Les séquences génomiques complètes (long read) sont disponibles pour 24 de ces accessions ⁶.

À l'échelle locale, 305 individus de la population TOU-A (Frachon et al. 2017) ont été collectés le long d'un transect de 330 mètres sous une clôture électrique séparant deux prairies permanentes dans le village de Toulon-sur-Arroux (Bourgogne). Il a été montré que la population TOU-A était hautement polymorphe tant au niveau génomique que phénotypique ^7,8. Les données phénotypiques et génomiques sont disponibles ici.

Références
¹ Brachi B, Villoutreix R, Faure N, Hautekèete N, Piquot Y, Pauwels M, Roby D, Joël Cuguen, Bergelson J, Roux F. Investigation of the geographical scale of adaptive phenological variation and its underlying genetics in Arabidopsis thaliana. Molecular Ecology 2013, doi : https://doi.org/10.1111/mec.12396
² Frachon L, Bartoli C, Carrre S, Bouchez O, Chaubet A, Gautier M, Dominique Roby D,  Roux F. A Genomic Map of Climate Adaptation in Arabidopsis thaliana at a Micro-Geographic Scale. Frontiers in Plant Sciences 2018, doi : https://doi.org/10.3389/fpls.2018.00967
³ Bartoli C, Frachon L, Barret M, Rigal M, Huard-Chauveau C, Mayjonade B, Zanchetta C, Bouchez O, Roby D, Carrère S, Fabrice Roux R. In situ relationships between microbiota and potential pathobiota in Arabidopsis thaliana. Tjhe multidiciplinary Journal of Microbial Ecology 2018, doi : https://doi.org/10.1038/s41396-018-0152-7
⁴ Frachon L, Mayjonade B, Bartoli C, Hautekèete NC, Roux F. Adaptation to Plant Communities across the Genome of Arabidopsis thaliana. 
Molecular Biology and Evolution 2019, doi : https://doi.org/10.1093/molbev/msz078
⁵ Fabrice Roux F, Léa Frachon L, Claudia Bartoli F. The Genetic Architecture of Adaptation to Leaf and Root Bacterial Microbiota in Arabidopsis thaliana. Molecular Biology and Evolution 2023, doi : https://doi.org/10.1093/molbev/msad093
⁶  Wlodzimierz P,  Rabanal FA, Burns R, Naish M, Elias Primetis, Scott A, Mandáková T, Gorringe N,  Tock AJ, Holland D, Fritschi K, Habring A, Lanz C, Patel C, Schlegel T, Collenberg M, Mielke M, Nordborg M, Roux F, Shirsekar G, Alonso-Blanco C, Lysak MA, Novikova PY, Bousios A, Detlef Weige, Henderson IR. Cycles of satellite and transposon evolution in Arabidopsis centromeres. Nature 2023, doi : https://doi.org/10.1038/s41586-023-06062-z
⁷ Frachon L, Libourel C, Villoutreix R, Carrère S, Glorieux C, Huard-Chauveau C, Navascués M,  Gay L, Vitalis R, Baron E, Amsellem L, Bouchez O, Vidal M, Le Corre V, Roby D, Bergelson J, Roux F. Intermediate degrees of synergistic pleiotropy drive adaptive evolution in ecological time. Nature Ecology & Evolution 2017, doi : https://doi.org/10.1038/s41559-017-0297-1
⁸ Ricou A, Simon M, Duflos R, Marianne Azzopardi M, Fabrice Roux F, Françoise Budar F, Christine Camilleri C. Identification of novel genes responsible for a pollen killer present in local natural populations of Arabidopsis thaliana. PLOS Genetics 2025, doi :https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1011451


Une recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal en collaboration.