L’Observatoire du Végétal (OV) est un cluster important et unique de plateformes intégrées dédiées au phénotypage multi-niveaux des plantes.
Question biologique
Notre objectif est de réaliser une analyse intégrée et à haut débit des plantes, combinant leur culture, leur phénotypage, ainsi que leur caractérisation biochimique, chimique, métabolique, cytologique et par imagerie. La plateforme accueille des projets concernant des espèces modèles (Arabidopsis, Brachypodium, Physcomitrella), ainsi que des plantes cultivées (maïs, sorgho, pois, lin, colza, coton, orge, blé, tomate, etc).
Composantes de l'OV
L'OV comprend 5 plateformes techniques, ainsi que le Centre de Ressources Biologiques (CRB) Arabidopsis Versailles (VASC) du pilier Plante de l'infrastructure nationale de recherche des CRB agronomiques (RARe).
> OV-Culture Plantes : culture et production de plantes et tissus végétaux dans des conditions contrôlées en serre, chambres de culture, quarantaine ou niveau de biosécurité S3. Infection par des pathogènes végétaux.
> OV-Phenoscope : phénotypage automatisé, assuré par 2 robots de phénotypage à haut débit pour Arabidopsis permettant une imagerie macroscopique visible, IR ou multispectrale, ainsi qu'un robot de phénotypage 'XL' pour plantes de taille moyenne ou post-floraison comme Arabidopsis jusqu'à graines.
> OV-Biochimie : étude des protéines et de leurs assemblages (expression hétérologue, purification, caractérisation fonctionnelle et structurale), interactions protéine/protéine ou protéine/ligand.
> OV-Chimie/Métabolisme : analyse des métabolites primaires (acides aminés et sucres) et secondaires (parois cellulaires, flavonoïdes, etc) par GC-MS, GC-QTOF, MALDI-TOF, LC-MS/MS, quantification des lipides et des hormones végétales par uHPLC-MS/MS, marquage isotopique et analyse isotopique (analyse élémentaire et IR-MS), analyse in situ (spectroscopie infrarouge FT-IR et NIRS).
> OV-Cytologie/Imagerie : imagerie végétale par microscopie confocale et visible, microscopie électronique à balayage, hybridation in situ, microscopie à dissection laser, cytométrie en flux, localisation subcellulaire et immunolocalisation dynamique (microscopie à disque tournant) et FISH.
> OV-VASC : propagation, stockage et distribution de matériel génétique (50 000 mutants d’insertion, plusieurs milliers de lignées recombinantes d’Arabidopsis et d’accessions).
Equipement
L'OV développe de l'expertise, conduit des recherches et des développements méthodologiques, et fournit des services dans les locaux de l'IJPB, incluant:
> 3 500 m2 de serres (niveaux S2 et S3, y compris une zone de quarantaine)
> 300 m2 de chambres de cultures (S2, S3 et zone de quarantaine)
> 100 m2 de chambres de cultures in vitro
> 80 m2 de cases lysimétriques
> 3 robots de phénotypage
> 1 400 m2 pour l’imagerie des plantes, des analyses biochimiques et métabolomiques
Enjeux économiques et sociétaux
Accrédité par le réseau français des plateformes IBiSA depuis 2012, l’OV est une Plateforme Régionale Stratégique d'INRAE depuis 2013 et est répertorié dans Pluginlabs. L’OV accueille de nombreux projets et demandes de prestations émanant de partenaires académiques et privés.
> Point d'accès unique pour toutes les plateformes : accessible sur ce lien. Un calcul complet des coûts sera initié et appliqué avec nos listes de prix.
> Ressources génétiques de l'OV-VASC : disponibles directement sur ce lien.
Notre objectif est de réaliser une analyse intégrée et à haut débit des plantes, combinant leur culture, leur phénotypage, ainsi que leur caractérisation biochimique, chimique, métabolique, cytologique et par imagerie. La plateforme accueille des projets concernant des espèces modèles (Arabidopsis, Brachypodium, Physcomitrella), ainsi que des plantes cultivées (maïs, sorgho, pois, lin, colza, coton, orge, blé, tomate, etc).
Composantes de l'OV
L'OV comprend 5 plateformes techniques, ainsi que le Centre de Ressources Biologiques (CRB) Arabidopsis Versailles (VASC) du pilier Plante de l'infrastructure nationale de recherche des CRB agronomiques (RARe).
> OV-Culture Plantes : culture et production de plantes et tissus végétaux dans des conditions contrôlées en serre, chambres de culture, quarantaine ou niveau de biosécurité S3. Infection par des pathogènes végétaux.
> OV-Phenoscope : phénotypage automatisé, assuré par 2 robots de phénotypage à haut débit pour Arabidopsis permettant une imagerie macroscopique visible, IR ou multispectrale, ainsi qu'un robot de phénotypage 'XL' pour plantes de taille moyenne ou post-floraison comme Arabidopsis jusqu'à graines.
> OV-Biochimie : étude des protéines et de leurs assemblages (expression hétérologue, purification, caractérisation fonctionnelle et structurale), interactions protéine/protéine ou protéine/ligand.
> OV-Chimie/Métabolisme : analyse des métabolites primaires (acides aminés et sucres) et secondaires (parois cellulaires, flavonoïdes, etc) par GC-MS, GC-QTOF, MALDI-TOF, LC-MS/MS, quantification des lipides et des hormones végétales par uHPLC-MS/MS, marquage isotopique et analyse isotopique (analyse élémentaire et IR-MS), analyse in situ (spectroscopie infrarouge FT-IR et NIRS).
> OV-Cytologie/Imagerie : imagerie végétale par microscopie confocale et visible, microscopie électronique à balayage, hybridation in situ, microscopie à dissection laser, cytométrie en flux, localisation subcellulaire et immunolocalisation dynamique (microscopie à disque tournant) et FISH.
> OV-VASC : propagation, stockage et distribution de matériel génétique (50 000 mutants d’insertion, plusieurs milliers de lignées recombinantes d’Arabidopsis et d’accessions).
Equipement
L'OV développe de l'expertise, conduit des recherches et des développements méthodologiques, et fournit des services dans les locaux de l'IJPB, incluant:
> 3 500 m2 de serres (niveaux S2 et S3, y compris une zone de quarantaine)
> 300 m2 de chambres de cultures (S2, S3 et zone de quarantaine)
> 100 m2 de chambres de cultures in vitro
> 80 m2 de cases lysimétriques
> 3 robots de phénotypage
> 1 400 m2 pour l’imagerie des plantes, des analyses biochimiques et métabolomiques
Enjeux économiques et sociétaux
Accrédité par le réseau français des plateformes IBiSA depuis 2012, l’OV est une Plateforme Régionale Stratégique d'INRAE depuis 2013 et est répertorié dans Pluginlabs. L’OV accueille de nombreux projets et demandes de prestations émanant de partenaires académiques et privés.
> Point d'accès unique pour toutes les plateformes : accessible sur ce lien. Un calcul complet des coûts sera initié et appliqué avec nos listes de prix.
> Ressources génétiques de l'OV-VASC : disponibles directement sur ce lien.
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