L’Observatoire du Végétal (OV) est un cluster important et unique de plates-formes intégrées dédiées au phénotypage multi-niveaux des plantes.
Les compétences de la plateforme couvrent une large gamme de technologies et d’analyses : de la culture et du phénotypage des plantes à leur caractérisation biochimique, chimique, métabolique et visuelle. Elle comprend le centre de ressources biologiques (CRB) d’Arabidopsis qui met à disposition des utilisateurs un nombre très élevé d’accessions naturelles et de lignées mutantes ou recombinantes (RILs). Le personnel de la plate-forme possède un vaste portefeuille de savoir-faire et d’expertises qui inclut la préparation des échantillons et l’analyse des données.
Question biologique
L‘Observatoire du végétal se décline en plusieurs composantes :
OV-Culture de Plantes et Phenoscope:
- culture et production de plantes et tissus végétaux dans des conditions contrôlées en serre, chambres de culture, quarantaine ou niveau de biosécurité S3. Infection par des pathogènes végétaux.
- phénotypage automatisé (4 robots de phénotypage à haut débit pour Arabidopsis permettant une imagerie macroscopique visible, IR ou multispectrale ; un robot de phénotypage 'XL' pour plantes de taille moyenne ou post-floraison comme Arabidopsis jusqu'à graines).
OV-Arabidopsis CRB:
- propagation, stockage et distribution de matériel génétique (50 000 mutants d’insertion, plusieurs milliers de lignées recombinantes d’Arabidopsis et d’accessions).
OV-Analyses (Cytologie/Imagerie; Chimie/Métabolisme ; Biochimie) :
- étude des protéines et de leurs assemblages (expression hétérologue, purification, caractérisation fonctionnelle et structurale, ), interactions protéine / protéine ou protéine / ligand
- imagerie végétale: microscopie confocale et visible, microscopie électronique à balayage, hybridation in situ, microscopie à dissection laser, cytométrie en flux, localisation subcellulaire et immunolocalisation dynamique (microscopie à disque tournant) et FISH.
- profilage des métabolites: analyse des métabolites primaires (acides aminés et sucres) et secondaires (parois cellulaires, flavonoïdes, etc.) par GC-MS, GC-QTOF, MALDI-TOF, LC-MS / MS, quantification des lipides et des hormones végétales par uHPLC-MS / MS, marquage isotopique et analyse isotopique (analyse élémentaire et IR-MS), analyse in situ (spectroscopie infrarouge FT-IR et NIRS).
Modèles biologiques, équipements
La plateforme accueille des projets concernant des espèces modèles (Arabidopsis, Brachypodium, Physcomitrella) ainsi que des plantes cultivées (maïs, pois, lin, colza, coton, orge, blé, tomate, légumineuses, etc).
OV-Plant Culture et Phenoscope:
15 chambres de croissance entièrement automatisées (2007)
chambres de culture et serres de quarantaine et de niveau de biosécurité S3 (2007)
quatre robots de phénotypage (2010-2014)
https://phenoscope.versailles.inra.fr/
OV-Analyses (Cytologie/Imagerie; Chimie/Métabolisme ; Biochimie) :
microscopes confocaux LEICA SP2 (2004), ZEISS 710 (2009), LEICA SP5 (2012), SP8 (2016)
microscope électronique à balayage (2007)
cytomètre de flux
microscope apotome ZEISS, axiozoom (2008-2018)
microscope à disque rotatif (2009)
micro-dissecteur laser
robot d'hybridation in situ et scanner de lames (2011)
5 microtomes (3 automatiques, un ultramicrotome), 1 cryostat
1 station d’enrobage
Monolith NanoTemper (thermophorèse, 2015)
uHPLC-MS / MS Waters (2011)
MALDI-TOF Bruker (2001)
3 GC-MS Agilent (2010-2015)
RMN 400 MHz (2014)
LC-HRMS (QTOF) Bruker (2015)
Ressources biologiques:
Le centre de ressources biologiques OV-Arabidopsis fournit des graines utiles à la communauté internationale des chercheurs.
Les stocks de semences disponibles pour la distribution comprennent:
- 54915 lignées d’insertion d’ADN-T caractérisées (écotype Ws)
- plus de 600 accessions naturelles (écotypes)
- 262 populations cartographiques F2
- 16 populations de lignées recombinantes (RIL)
- 3 ensembles de lignées presque isogéniques (HIF: famille hétérogène
- un panel de lignées hybrides recombinantes épigénétiques (epiRIL)
- 56 cytolines
- une collection de lignées mutantes EMS homozygotes (HEM)
- 800 familles d’accessions naturelles françaises
Enjeux économiques et sociétaux
L’Observatoire du Végétal accueille de nombreux projets et demandes de prestations émanant de partenaires privés.
Nous avons mis en place un point d'accès commun pour toutes les plateformes (https://www.observatoire-vegetal.inra.fr) à destination des utilisateurs industriels et académiques. Un calcul complet des coûts sera initié et appliqué avec nos listes de prix.
Les lignées du Centre de Ressources Biologiques Arabidopsis sont disponibles sur :
https://publiclines.versailles.inrae.fr/
publiclines-ijpb@inrae.fr
Question biologique
L‘Observatoire du végétal se décline en plusieurs composantes :
OV-Culture de Plantes et Phenoscope:
- culture et production de plantes et tissus végétaux dans des conditions contrôlées en serre, chambres de culture, quarantaine ou niveau de biosécurité S3. Infection par des pathogènes végétaux.
- phénotypage automatisé (4 robots de phénotypage à haut débit pour Arabidopsis permettant une imagerie macroscopique visible, IR ou multispectrale ; un robot de phénotypage 'XL' pour plantes de taille moyenne ou post-floraison comme Arabidopsis jusqu'à graines).
OV-Arabidopsis CRB:
- propagation, stockage et distribution de matériel génétique (50 000 mutants d’insertion, plusieurs milliers de lignées recombinantes d’Arabidopsis et d’accessions).
OV-Analyses (Cytologie/Imagerie; Chimie/Métabolisme ; Biochimie) :
- étude des protéines et de leurs assemblages (expression hétérologue, purification, caractérisation fonctionnelle et structurale, ), interactions protéine / protéine ou protéine / ligand
- imagerie végétale: microscopie confocale et visible, microscopie électronique à balayage, hybridation in situ, microscopie à dissection laser, cytométrie en flux, localisation subcellulaire et immunolocalisation dynamique (microscopie à disque tournant) et FISH.
- profilage des métabolites: analyse des métabolites primaires (acides aminés et sucres) et secondaires (parois cellulaires, flavonoïdes, etc.) par GC-MS, GC-QTOF, MALDI-TOF, LC-MS / MS, quantification des lipides et des hormones végétales par uHPLC-MS / MS, marquage isotopique et analyse isotopique (analyse élémentaire et IR-MS), analyse in situ (spectroscopie infrarouge FT-IR et NIRS).
Modèles biologiques, équipements
La plateforme accueille des projets concernant des espèces modèles (Arabidopsis, Brachypodium, Physcomitrella) ainsi que des plantes cultivées (maïs, pois, lin, colza, coton, orge, blé, tomate, légumineuses, etc).
OV-Plant Culture et Phenoscope:
15 chambres de croissance entièrement automatisées (2007)
chambres de culture et serres de quarantaine et de niveau de biosécurité S3 (2007)
quatre robots de phénotypage (2010-2014)
https://phenoscope.versailles.inra.fr/
OV-Analyses (Cytologie/Imagerie; Chimie/Métabolisme ; Biochimie) :
microscopes confocaux LEICA SP2 (2004), ZEISS 710 (2009), LEICA SP5 (2012), SP8 (2016)
microscope électronique à balayage (2007)
cytomètre de flux
microscope apotome ZEISS, axiozoom (2008-2018)
microscope à disque rotatif (2009)
micro-dissecteur laser
robot d'hybridation in situ et scanner de lames (2011)
5 microtomes (3 automatiques, un ultramicrotome), 1 cryostat
1 station d’enrobage
Monolith NanoTemper (thermophorèse, 2015)
uHPLC-MS / MS Waters (2011)
MALDI-TOF Bruker (2001)
3 GC-MS Agilent (2010-2015)
RMN 400 MHz (2014)
LC-HRMS (QTOF) Bruker (2015)
Ressources biologiques:
Le centre de ressources biologiques OV-Arabidopsis fournit des graines utiles à la communauté internationale des chercheurs.
Les stocks de semences disponibles pour la distribution comprennent:
- 54915 lignées d’insertion d’ADN-T caractérisées (écotype Ws)
- plus de 600 accessions naturelles (écotypes)
- 262 populations cartographiques F2
- 16 populations de lignées recombinantes (RIL)
- 3 ensembles de lignées presque isogéniques (HIF: famille hétérogène
- un panel de lignées hybrides recombinantes épigénétiques (epiRIL)
- 56 cytolines
- une collection de lignées mutantes EMS homozygotes (HEM)
- 800 familles d’accessions naturelles françaises
Enjeux économiques et sociétaux
L’Observatoire du Végétal accueille de nombreux projets et demandes de prestations émanant de partenaires privés.
Nous avons mis en place un point d'accès commun pour toutes les plateformes (https://www.observatoire-vegetal.inra.fr) à destination des utilisateurs industriels et académiques. Un calcul complet des coûts sera initié et appliqué avec nos listes de prix.
Les lignées du Centre de Ressources Biologiques Arabidopsis sont disponibles sur :
https://publiclines.versailles.inrae.fr/
publiclines-ijpb@inrae.fr
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