Poste de Maître de conférences (H/F) AgroParisTech à pourvoir à l’IJPB

Contexte
L’ingénierie des protéines est une composante importante de l’ingénierie du vivant. Elle contribue, aux côtés de l’ingénierie génétique et de l’ingénierie métabolique, à l’optimisation des enzymes et des microorganismes utilisés pour la transformation et la valorisation des agro-ressources, afin de les adapter aux contraintes technologiques de leur mise en œuvre dans les procédés agro-industriels. L’ingénierie des protéines a également un rôle crucial dans le secteur des biotechnologies pour la santé, avec l’émergence des protéines thérapeutiques qui ont révolutionné le traitement de nombreuses maladies (cancers, maladies auto-immunes, maladies chroniques inflammatoires), mais aussi pour son rôle dans le développement de vaccins plus efficaces. La conception de protéines optimisées, soutenant des procédés agro-industriels durables ou répondant à des besoins thérapeutiques nouveaux, est actuellement en pleine mutation grâce au développement d’outils performants de prédiction des structures protéiques, basés sur l’intelligence artificielle.

Par ce recrutement, AgroParisTech souhaite renouveler l’offre de formation en biochimie, biologie structurale et ingénierie des protéines, en intégrant les outils prédictifs de la structure protéique qui ont récemment émergé. La personne recrutée aura pour mission de développer des activités en modélisation moléculaire des protéines et de leurs interactions (approche de « docking » moléculaire), en complément des approches expérimentales de caractérisations structurale et fonctionnelle des protéines (enzymologie, interactions protéiques, cristallographie). Elle pourra en particulier se focaliser sur les protéines membranaires et leurs interactions avec des mono- ou des bicouches de phospholipides.

Mission d’enseignement
La personne recrutée contribuera aux enseignements (cours, TD et TP) portés par l’UFR BBS sur les 3 années du cursus ingénieur d’AgroParisTech. Elle assurera également l’accompagnement d’étudiants en projet et en stage. Elle sera encouragée à développer des approches pédagogiques par projet, basées sur l’expérimentation, grâce à la disponibilité de salles de TP adaptées. En 1ère année (niveau L3), la personne recrutée contribuera à des enseignements existants sur les stratégies et enjeux de la purification de protéines. En 2ème année, elle interviendra et sera co-responsable de 2 modules intitulés « Biologie structurale et santé » et « Bioingénierie des protéines et applications industrielles ». Sa contribution majeure portera sur la formation des étudiants de la formation diplômante Biotech, en 3ème année du cursus ingénieur, avec la mission de les former aux concepts et méthodes de la biochimie des protéines, de l’enzymologie et de la biologie structurale. La personne recrutée sera ainsi co-responsable de 3 modules (« Extraction, purification et caractérisation de biomolécules d’intérêts » ; « Biocatalyse : de l’ingénierie des enzymes à leur mise en œuvre » ; « Ingénierie enzymatique et biotechnologies ») dans lesquels elle interviendra en cours et encadrera les travaux expérimentaux. La personne recrutée fera évoluer le programme de ces modules, en intégrant en particulier les approches de prédiction structurale.

Mission de recherche
Au sein de l’IJPB, la personne recrutée évoluera au sein d’une équipe étudiant la structure, la dynamique et la fonction des corps lipidiques, organites de stockage des lipides neutres (huile). Les corps lipidiques jouent un rôle central dans l’homéostasie lipidique des organismes et présentent un fort potentiel d’applications biotechnologiques, mais la manière dont les acteurs protéiques régulant leur dynamique et leurs fonctions s’associent à eux demeure mal connue. La personne recrutée développera l’étude des mécanismes d’association aux corps lipidiques et des conséquences fonctionnelles de cette association pour quelques protéines d’intérêt (protéines impliquées dans la biosynthèse et la dégradation des lipides stockés dans les corps lipidiques ; protéines d’intérêt pharmaceutique ciblées aux corps lipidiques pour faciliter leur production et purification). Pour mener cette mission, la personne recrutée mettra en œuvre des approches de prédiction de la structure et des interactions protéiques, ainsi que des approches de biologie structurale (en bénéficiant de la proximité des lignes du synchrotron SOLEIL et de sa nouvelle ligne dédiée à la cryomicroscopie électronique) pour prédire, puis valider les domaines protéiques mis en jeu dans l’association aux corps lipidiques. Elle pourra bénéficier des projets en cours d’études d’interaction de différentes protéines naturelles ou synthétiques aux corps lipidiques. A terme, ces recherches pourront conduire à des projets plus appliqués, visant à produire une huile à façon par ingénierie métabolique et/ou à produire un vaccin. Autre mission d’intérêt général au sein de l’établissement. La personne recrutée sera progressivement impliquée dans la vie de l’Etablissement, en contribuant à différentes commissions d’AgroParisTech (notamment le Conseil des Enseignants et le Conseil de l’Enseignement et de la Vie Etudiante).

Compétences recherchées
Titulaire d’un doctorat en biologie (ou d’un diplôme équivalent), la ou le candidat devra avoir une expertise en biochimie des protéines, plus spécifiquement dans leur caractérisation structurale et fonctionnelle, et en modélisation moléculaire. Des compétences complémentaires en enzymologie, biologie moléculaire, et dans l’étude des interactions protéiques seront des atouts. Il n’est pas requis d’avoir des compétences en biologie végétale ; porter un intérêt pour ce domaine d’étude suffit.

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Une recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.