Séminaire Dr. Bruno Guillotin

Une promesse de l’ARN-séq en cellule unique est de fournir de nouvelles perspectives à l'approche comparative en permettant une comparaison directe, rapide et facile de différents types de cellules au sein d'un organe, mais aussi entre des organes homologues à travers les espèces avec une haute résolution. Nous avons d'abord utilisé cette technique pour déduire comment les cellules végétales peuvent changer d'identité pendant la régénération des racines, un phénomène caractérisé par la formation de novo d'une niche de cellules souches en cas de blessure, par le tissu différencié environnant. Après avoir identifié et suivi les cellules impliquées dans la régénération, nous avons pu déterminer le type cellulaire et la cascade transcriptionnelle nécessaires à la transition de destin cellulaire, y compris le rôle potentiel de multiples gènes de remodelage de la chromatine, apportant de nouvelles perspectives pour la propagation des plantes. Ensuite, nous avons examiné si nous pouvions suivre les types cellulaires à travers différentes espèces végétales, car des traits adaptatifs clés peuvent être médiés par des types cellulaires spécialisés au sein des organes. Ici, nous avons intégré les cellules dans les racines de trois graminées - Zea mays (maïs), Sorghum bicolor (sorgho) et Setaria viridis (Setaria), cette dernière servant de groupe extérieur. Notre analyse cellulaire comparative montre que les transcriptomes de certains types cellulaires ont divergé plus rapidement que d'autres, en partie en recrutant des modules géniques d'autres types cellulaires. De plus, cette approche nous a permis de mieux comprendre comment les gènes dupliqués sont conservés au cours de l'évolution et entre les espèces, par subfonctionnalisation et néofonctionnalisation, potentiellement médiée par des éléments cis-régulateurs d’introns.

Dr. Bruno Guillotin, Kenneth Birnbaum team, Center for Genomics and Systems Biology, New York University, USA


Invitation : Pierre Hilson

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Date limite d'inscription: 07/10/23

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