Séminaire Dr Clémentine Vitte
Déterminer la contribution des éléments transposables aux éléments cis-régulateurs des plantes - Jeudi 26 mars 2026 11h00, INRAE, Versailles
Les éléments cis-régulateurs (ERC) jouent un rôle clé dans la régulation spatio-temporelle de l'expression des gènes au cours développement et en réponse à l'environnement. Bien que ces régions puissent désormais être cartographiées au niveau moléculaire chez les plantes, notamment grâce aux informations d'accessibilité de la chromatine et de méthylation de l'ADN, la caractérisation des ECR répondant au stress reste encore limitée. De plus, les éléments transposables (TE) ont été proposés comme source de nouveaux ERC chez les plantes et les animaux, mais leur contribution relative aux ERC liés au développement et induits par le stress, ainsi que leur rôle dans l'émergence de réseaux de régulation chez les plantes, restent à élucider complètement.
Dans une étude récente (Fagny et al., 2021), nous avons utilisé une approche de biologie des systèmes pour étudier les réseaux de régulation sous-tendus par les ‘enhancers’ de deux tissus du maïs à différents stades : les jeunes feuilles issues de plantules et les bractées recouvrant l'épi au stade de la floraison (spathes). Nous avons ainsi fait la preuve de concept que de tels réseaux permettent la caractérisation de modules de régulation biologiquement pertinents chez les plantes. De plus, nous avons montré que les ‘enhancers’ spécifiquement actifs dans chaque tissu sont enrichis en deux superfamilles différentes d'éléments transposables (ET), indiquant le rôle potentiel des ET dans la différenciation des tissus végétaux.
En parallèle, nous avons contribué au développement de la méthode SAM-seq, qui permet de caractériser simultanément l'accessibilité de la chromatine et la méthylation de l'ADN chez les plantes d'une manière sans précédent (Leduque et al., 2024). L'utilisation de cette méthode sur des plantules de maïs a révélé de nouveaux profils épigénomiques pour certains éléments transposables, dont l'analyse était jusq’alors impossible en utilisant les technologies fondées sur le séquençage Illumina en raison de leur répétitivité.
En s’appuyant sur ces deux études, nous développons actuellement un projet visant à caractériser la contribution des éléments transposables à l’évolution des plantes, grâce à la caractérisation approfondie des ERC et des ET pour plusieurs espèces végétales.
Séminaire en anglais
Clémentine Vitte, "Génétique Quantitative & Evolution" GQE-Le Moulon, IDEEV, Gif-sur-Yvette
Invitation : Oumaya bouchabké-Coussa, équipe "Biologie cellulaire et régénération" BCR
Séminaire relatif à la recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.
Dans une étude récente (Fagny et al., 2021), nous avons utilisé une approche de biologie des systèmes pour étudier les réseaux de régulation sous-tendus par les ‘enhancers’ de deux tissus du maïs à différents stades : les jeunes feuilles issues de plantules et les bractées recouvrant l'épi au stade de la floraison (spathes). Nous avons ainsi fait la preuve de concept que de tels réseaux permettent la caractérisation de modules de régulation biologiquement pertinents chez les plantes. De plus, nous avons montré que les ‘enhancers’ spécifiquement actifs dans chaque tissu sont enrichis en deux superfamilles différentes d'éléments transposables (ET), indiquant le rôle potentiel des ET dans la différenciation des tissus végétaux.
En parallèle, nous avons contribué au développement de la méthode SAM-seq, qui permet de caractériser simultanément l'accessibilité de la chromatine et la méthylation de l'ADN chez les plantes d'une manière sans précédent (Leduque et al., 2024). L'utilisation de cette méthode sur des plantules de maïs a révélé de nouveaux profils épigénomiques pour certains éléments transposables, dont l'analyse était jusq’alors impossible en utilisant les technologies fondées sur le séquençage Illumina en raison de leur répétitivité.
En s’appuyant sur ces deux études, nous développons actuellement un projet visant à caractériser la contribution des éléments transposables à l’évolution des plantes, grâce à la caractérisation approfondie des ERC et des ET pour plusieurs espèces végétales.
Séminaire en anglais
Clémentine Vitte, "Génétique Quantitative & Evolution" GQE-Le Moulon, IDEEV, Gif-sur-Yvette
Invitation : Oumaya bouchabké-Coussa, équipe "Biologie cellulaire et régénération" BCR
Séminaire relatif à la recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.
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