Séminaire Dr Pierre Larmande

Comprendre comment l’information génomique gouverne le développement des plantes, leurs réponses aux stress et la diversité des phénotypes nécessite d’interpréter les régions régulatrices, d’intégrer des jeux de données multi-omiques et de relier les mécanismes moléculaires à différentes échelles. Mes travaux contribuent à cet effort en développant des approches computationnelles qui associent infrastructures FAIR et méthodes d’intelligence artificielle pour faire progresser la génomique régulatrice chez les plantes.
En s’appuyant sur AgroLD, un vaste Knowledge Graph FAIR intégrant des centaines de ressources en génomique et phénotypage végétal, nous explorons la manière dont les connaissances biologiques structurées peuvent être combinées à des modèles d’analyse de séquences pour mieux comprendre la régulation des gènes. Nos récents travaux incluent l’évaluation de modèles de langage ADN (LLMs) et de méthodes d’apprentissage profond pour caractériser les régions régulatrices dans les génomes végétaux (stage 2025), ainsi que leur extension vers des approches de modélisation prédictive du comportement régulatoire (projet 2026). Nous explorons actuellement des architectures d’IA multimodales combinant des représentations de séquences avec des mécanismes de raisonnement basés sur les graphes, afin de permettre une analyse plus intégrée et plus complète des processus régulatoires dans les génomes des plantes.
Ensemble, ces travaux visent à approfondir notre compréhension de la manière dont l’information régulatrice est encodée dans les génomes végétaux, à améliorer l’interprétation des fonctions géniques et des réponses aux stress, et à proposer de nouveaux cadres computationnels pour accélérer la découverte en biologie végétale et l’amélioration des cultures.

Pierre Larmande est chercheur à l’Institut de Recherche pour le Développement - IRD, basé à Montpellier, dans l'équipe "Cereal root systems" CERES,  de l'Unité Mixte de Recherche "Diversité, adaptation et développement des plantes - DIADE. Ses travaux portent sur la bioinformatique appliquée aux sciences végétales, avec une expertise dans les graphes de connaissances, les technologies du Web sémantique, l’intégration de données et la découverte de connaissances assistée par l’IA.

Invitation : 
Sylvie Coursol
équipe "Qualité de la Biomasse et Interactions avec la Sécheresse " QUALIBIOSEC


Séminaire relatif à la recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.