Séminaire IJPB / SPS Thanvi Srikant
L'effet de la ploïdie et de la différenciation génétique sur l'architecture de la chromatine : perspectives d'Arabidopsis arenosa - Jeudi 25 juin 2026 9h30, INRAE, Versailles
Mes recherches visent à comprendre l'adaptation des plantes et la variation naturelle à travers le prisme de l'épigénétique et de l'épigénomique. En tant que chercheuse post-doctorale dans le groupe de la professeure Kirsten Bomblies à l'ETH Zurich, j'ai étudié comment l'accessibilité de la chromatine et la transcription évoluent lors de l'établissement de la polyploïdie chez Arabidopsis arenosa, un modèle émergent pour la génomique de l'adaptation. Cette espèce comprend des populations diploïdes et autotétraploïdes naturelles partageant une origine unique (datant d'environ 30 000 ans). Après l'événement ancestral de doublement du génome, les populations autotétraploïdes ont connu une importante expansion de niche et montrent des signes de sélection positive sur plusieurs gènes, dont de nombreux gènes de remodelage de la chromatine. Ceci a soulevé la question suivante : l'architecture de la chromatine est-elle particulièrement affectée par le doublement du génome ? A-t-elle continué à évoluer lors de la diversification infraspécifique ultérieure ?
Pour répondre à ces questions, j'ai profilé l'accessibilité de la chromatine (ATAC-seq), la transcription (RNA-seq) et la variation génétique dans trois populations diploïdes, deux familles néo-tétraploïdes synthétiques dérivées du diploïde ancestral, et cinq populations tétraploïdes évoluées appartenant à diverses lignées génétiques. Sur un total de 34 individus issus de 10 populations, 7 032 régions de chromatine différemment accessibles (dACR), 9 669 gènes différemment exprimés et plus de 9 millions de SNPs ont été identifiés. Dans mon exposé, je discuterai comment le paysage d'accessibilité de la chromatine d'A. arenosa varie avec la ploïdie et la population d'origine, comment il est corrélé avec l'expression des gènes proximaux et les éléments transposables, et son association frappante avec les SNPs à l'échelle du génome, y compris les variants génétiques au niveau des locus de remodelage de la chromatine.
Enfin, je présenterai ma nouvelle équipe de recherche à l'Institut de biologie intégrative de l'ETH Zurich, où nous examinerons les interactions génome-épigénome lors de l'adaptation à la haute altitude chez la plante alpine Arabis alpina.
Séminaire en anglais
Thanvi Srikant, Institute of Integrative Biology -IBZ, ETH Zurich, Suisse
Invitation: Adrian Gonzalo Sanchez, équipe "Mécanismes de la Méiose" MeioMe
Séminaire relatif à la recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.
Pour répondre à ces questions, j'ai profilé l'accessibilité de la chromatine (ATAC-seq), la transcription (RNA-seq) et la variation génétique dans trois populations diploïdes, deux familles néo-tétraploïdes synthétiques dérivées du diploïde ancestral, et cinq populations tétraploïdes évoluées appartenant à diverses lignées génétiques. Sur un total de 34 individus issus de 10 populations, 7 032 régions de chromatine différemment accessibles (dACR), 9 669 gènes différemment exprimés et plus de 9 millions de SNPs ont été identifiés. Dans mon exposé, je discuterai comment le paysage d'accessibilité de la chromatine d'A. arenosa varie avec la ploïdie et la population d'origine, comment il est corrélé avec l'expression des gènes proximaux et les éléments transposables, et son association frappante avec les SNPs à l'échelle du génome, y compris les variants génétiques au niveau des locus de remodelage de la chromatine.
Enfin, je présenterai ma nouvelle équipe de recherche à l'Institut de biologie intégrative de l'ETH Zurich, où nous examinerons les interactions génome-épigénome lors de l'adaptation à la haute altitude chez la plante alpine Arabis alpina.
Séminaire en anglais
Thanvi Srikant, Institute of Integrative Biology -IBZ, ETH Zurich, Suisse
Invitation: Adrian Gonzalo Sanchez, équipe "Mécanismes de la Méiose" MeioMe
Séminaire relatif à la recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.
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