Séminaire Dr Clémentine Vitte
Contribution des éléments transposables à la différenciation tissulaire du maïs - jeudi 3 avril 11h00, INRAE, Versailles
En raison de leur nature répétitive et du fait qu’ils contiennent des éléments régulateurs, les éléments transposables (TEs) ont été envisagés dès le départ comme des moteurs de l’évolution des réseaux de régulation génique, grâce à leur capacité à disséminer dans le génome des éléments régulateurs « préfabriqués ». Ces premiers modèles ont récemment été renouvelés par des analyses à grande échelle des paysages de régulation génétique des eucaryotes, montrant que des TEs appartenant à différentes superfamilles peuvent participer à la reconfiguration de divers réseaux de régulation impliqués dans des fonctions biologiques clés chez différentes espèces eucaryotes. Néanmoins, les mécanismes moléculaires sous-jacents à la formation de réseaux régulés par les TEs n’ont été caractérisés que dans quelques cas, et restent à explorer à plus grande échelle.
Dans une étude récente sur le maïs (Fagny et al., 2021), nous avons utilisé une approche de biologie des systèmes pour étudier le réseau de régulation dépendant des “enhancers” dans deux types de tissus à différents stades : les feuilles au stade plantule et les feuilles entourant l’épi au stade de floraison (spathes). Nous avons montré que les modules spécifiques aux feuilles de plantules sont caractérisés par une réponse aux hormones et à la biogenèse et l’assemblage des macromolécules, tandis que ceux spécifiques des spathes sont associés à la modification de la paroi cellulaire et à la réponse aux stress abiotiques. L’analyse des séquences des “enhancers” a révélé que deux superfamilles de TEs différentes ont façonné une partie du réseau régulateur dans les deux tissus : les transposons TIR de type Mutator dans les feuilles de plantules, et les MITEs Pif/Harbinger dans les husks. Une analyse plus approfondie des éléments MITE Pif/Harbinger a montré qu’une seule famille a contribué à la dissémination des éléments régulateurs dans l’ensemble du génome du maïs, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour décrypter la dynamique des éléments cis-régulateurs chez le maïs.
Séminaire en anglais
Clémentine Vitte, GEvAD - Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées, GQE- Le Moulon, IDEEV, Gif-sur-Yvette
Invitation : Oumaya Bouchabké-Coussa, équipe "Biologie cellulaire et régénération" BCR
En relation avec une recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.
Dans une étude récente sur le maïs (Fagny et al., 2021), nous avons utilisé une approche de biologie des systèmes pour étudier le réseau de régulation dépendant des “enhancers” dans deux types de tissus à différents stades : les feuilles au stade plantule et les feuilles entourant l’épi au stade de floraison (spathes). Nous avons montré que les modules spécifiques aux feuilles de plantules sont caractérisés par une réponse aux hormones et à la biogenèse et l’assemblage des macromolécules, tandis que ceux spécifiques des spathes sont associés à la modification de la paroi cellulaire et à la réponse aux stress abiotiques. L’analyse des séquences des “enhancers” a révélé que deux superfamilles de TEs différentes ont façonné une partie du réseau régulateur dans les deux tissus : les transposons TIR de type Mutator dans les feuilles de plantules, et les MITEs Pif/Harbinger dans les husks. Une analyse plus approfondie des éléments MITE Pif/Harbinger a montré qu’une seule famille a contribué à la dissémination des éléments régulateurs dans l’ensemble du génome du maïs, ouvrant ainsi de nouvelles perspectives pour décrypter la dynamique des éléments cis-régulateurs chez le maïs.
Séminaire en anglais
Clémentine Vitte, GEvAD - Génomique Evolutive et Adaptation des plantes Domestiquées, GQE- Le Moulon, IDEEV, Gif-sur-Yvette
Invitation : Oumaya Bouchabké-Coussa, équipe "Biologie cellulaire et régénération" BCR
En relation avec une recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal.
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