Jean-Denis Faure est professeur de physiologie végétale et président du département des sciences de la vie et de la santé à AgroParisTech, la principale grande école d'ingénieurs agronome. 
Il dirige un groupe de recherche à l'Institut national de recherche agronomique (INRAe) à Versailles. Ses recherches portent principalement sur les lipides végétaux, leur rôle en biologie végétale ainsi que leur utilisation potentielle pour l'alimentation et la santé. Son groupe développe la caméline comme nouvelle culture pour répondre aux enjeux de transition agro-écologique mais aussi pour en œuvre des approches de biologie synthétique.