Équipes de recherche

Equipe bio-informatique et informatique

SC-Info 9 membres

L’équipe a une double mission bio-informatique et informatique. En bio-informatique, elle apporte son expertise en analyse de données, développements... aux équipes scientifiques. En informatique, elle assure la gestion et la maintenance du parc informatique ainsi que la gestion des données.

Les bioinformaticiens (2,8 ETP), apportent leur expertise en analyse de données, développements… aux équipes de recherche de l’unité.
Les informaticiens de proximité (4,2 ETP) assurent la gestion et la maintenance du parc informatique de l’unité.
L’équipe veille aussi à la gestion des données : données de travail, images, archives.


Collaborations scientifiques
L’équipe apporte son expertise en bioinformatique pour différentes problématiques : assemblage d’organites, détection de mutations de type EMS ou CRISPR-Cas9 par différentes méthodes (tilling 3D, mapping by sequencing…), détection d’évènements de recombinaison méïotique, analyses transcriptomiques et protéomiques, intégration de données.    


Développement
Les développements peuvent être réalisés à façon pour répondre à une question scientifique ponctuelle ou être mutualisés sous forme de pipelines (analyse de données NGS) ou de bibliothèques de fonction (packages R et interfaces Shiny) si cela concerne des analyses récurrentes.  


Transfert de compétences
L’équipe organise des formations pour les scientifiques et leur apporte un accompagnement pour l’analyse de leurs données.    


Infrastructures et parc informatique
Les calculs scientifiques sont réalisés sur la plateforme Génotoul. Nous avons différentes solutions de stockage selon le type de données : AgroDataRing, PNAS, NextCloud
Les informaticiens de proximité ont en charge la gestion et la maintenance d’un parc informatique de 750 machines.
Equipe bio-informatique et informatique

Responsable :

Fabienne Granier
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