Un poste d'Ingénieur d’Étude (18 mois) en bioinformatique/biostatistique - Saclay Plant Sciences - Poste à pourvoir
Le réseau Saclay Plant Sciences (SPS) regroupe environ 55 équipes de recherche spécialisées dans les sciences végétales appartenant à 5 instituts de la région de Saclay (sud-ouest de Paris) et représente environ 700 personnes. Les activités de recherche actuelles des partenaires de SPS concernent les mécanismes génétiques, moléculaires et cellulaires qui contrôlent la physiologie et le développement des plantes, ainsi que leurs interactions avec des environnements biotiques ou abiotiques fluctuants. Ces études s'étendent du gène à la plante entière et utilisent les concepts et les outils de la biochimie, de la biophysique, de l'imagerie, de la biologie moléculaire, de la génétique, de la biologie cellulaire, de la modélisation et de la bio-informatique. L'analyse des données et la recherche en bio-informatique et en bio-statistique sont actuellement effectuées par 25 bio-informaticiens et statisticiens permanents dans les cinq instituts.
SPS recrute un bio-informaticien "Ingénieur.e d'Etude" pour intégrer l'équipe SPS-Bioinformatics Analysis and Research Support (SPS-BARS), un service de bio-informatique composé de 3 bio-informaticiens qui fournit des activités de soutien à la communauté de recherche SPS et prend en charge les demandes croissantes d'analyse de données biologiques. L'ingénieur recruté sera affecté pour une grande partie de son temps aux unités de recherche pour travailler sur des projets spécifiques. Ces projets sont validés par le comité bioinformatique de SPS qui est composé de bioinformaticiens et de biologistes de SPS. Des missions d'enseignement (formation académique et/ou professionnelle) peuvent également être demandées.
Tâches et responsabilités
La mission principale est de fournir un support aux Unités de Recherche pour l'analyse bioinformatique et/ou biostatistique de leurs données. Ce soutien comprend
- conseiller et guider la mise en œuvre de méthodes et d'outils pour l'analyse de données biologiques,
- maintenir une veille bibliographique active et évaluer les outils et méthodes publiés,
- développer, si nécessaire, de nouvelles méthodes et de nouveaux outils d'analyse,
- analyser les données en collaboration avec les unités,
- assurer le transfert des outils et de l'expertise aux unités,
- dispenser des cours de formation en bio-informatique et en biostatistique,
- maintenir les méthodes et les outils développés par les unités et assurer leur intégration dans les solutions logicielles de base telles que Snakemake ou Nextflow.
- l'organisation des appels bioinformatiques SPS et des sessions de formation,
- les interactions avec le comité de bioinformatique SPS.
Profil du poste
Plusieurs besoins ont été identifiés et certaines des compétences suivantes sont attendues :
- Analyse de données HTS (appel de variants, assemblage de génomes, expression différentielle, épigénomique...),
- Analyse de données métabolomiques,
- Analyse de données protéomiques,
- Analyse de données d'imagerie,
- Intégration de données
Durée du projet
Les fonds sont disponibles pour 18 mois.
Salaire
L'ingénieur sera recruté par INRAE. En fonction de l'expérience antérieure, le salaire brut sera compris entre 2300€ et 2900€ pour le poste d'IR (salaire net entre 1900€ et 2400€).
Profil du candidat et conditions
Le candidat doit être titulaire d'un doctorat ou d'un diplôme d'ingénieur en bio-informatique, statistiques, mathématiques appliquées ou dans un domaine connexe. Une expérience de l'enseignement en bioinformatique/biostatistique sera appréciée.
SPS s'engage à promouvoir l'égalité entre les hommes et les femmes, les candidatures féminines sont donc encouragées.
Pour postuler
Les candidatures (lettre de motivation, CV détaillé et deux lettres de référence) doivent être envoyées à etienne.delannoy[at]inrae.fr et nicolas.bouche[at]inrae.fr.
Nous proposons cette année un projet de thèse sur l'Épigénétique du fruit de la tomate
Le projet de doctorat se concentre sur l'étude des mécanismes de contrôle épigénétique de la maturation des fruits chez la tomate. L'objectif est de mieux comprendre le rôle de la méthylation de l'ADN dans la régulation de la maturation des fruits et d'améliorer les connaissances sur le sujet. La tomate est un modèle approprié pour étudier la méthylation de l'ADN en raison de ses grandes régions péricentromériques et de la présence importante de transposons et de répétitions dans son génome. Le projet de doctorat explorera la diversité des profils de méthylation dans les cultivars de tomates sauvages et domestiques et les paysages de méthylation et d'ARN des plantes de tomates déficientes en méthylation ou en déméthylation de l'ADN. L'étudiant obtiendra les méthylomes de cultivars de tomates à différents stades de maturation des fruits et analysera les différences à l'aide d'un pipeline bioinformatique développé dans le groupe. Cela permettra d'identifier les régions différentiellement méthylées (DMR) et l'étudiant étudiera leur distribution génomique et leur association avec des caractéristiques génomiques. En outre, l'étudiant étudiera l'association entre les variants épialléliques spécifiques des tissus et l'expression des gènes, ainsi que l'implication des petits ARN dans la stabilité de l'épigénome. Pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires, le doctorant séquencera les méthylomes et les transcriptomes de plantes génomiquement modifiées et/ou ARNi avec des facteurs impliqués dans la méthylation de l'ADN. Cela comprendra le séquençage de mutants crispr Sldml (déméthylation de l'ADN), de mutants Slddm1 (remodelage de la chromatine), et d'autres mutants et lignées de contrôle.
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Responsable :
Nicolas Bouché