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Un contrat post-doctoral dans le domaine de la modélisation des flux métaboliques

CDD d'un an

Contexte et environnement du poste
Le réseau Sciences des Plantes de Saclay (SPS) regroupe une cinquantaine d'équipes de recherche spécialisées dans les sciences du végétal réparties sur plusieurs sites du périmètre de l’Université Paris-Saclay. Deux des projets phares de SPS concernent les métabolites spécialisés produits par les plantes et les champignons pathogènes de plantes (sous la responsabilité du Groupe de Travail MétaSpé) et les outils bioinformatiques et de bioanalyses à développer dans le cadre des recherches menées dans le réseau (sous la responsabilité du Groupe de Travail Bioinfo).

Missions
L'analyse des flux métaboliques est maintenant un élément fondamental pour comprendre les métabolismes spécialisés mais aussi pour proposer des approches d'ingénierie efficaces. Les données métabolomiques non ciblées fournissent directement une image stationnaire de l'ensemble du métabolisme mais peuvent maintenant conduire à des modèles dynamiques en particulier des flux. De nouvelles approches algorithmiques inspirées de l'intelligence artificielle (apprentissage machine ou profond) couplées avec l'association de modèles métaboliques sous contraintes permettent de créer des modèles métaboliques à l'échelle du génome pour prédire plus efficacement les flux de métabolites.

Alors que le transfert des outils et méthodes développés pour le transcriptome aux données du métabolome est un objectif prioritaire pour le GT Bioinfo de SPS, le GT MétaSpé souhaite évaluer la pertinence de ces approches pour mieux exploiter les données métaboliques.
Les compétences recherchées sont :
- Bioinformatique (intelligence artificielle)
- Modélisation statistique
- Fluxomique

L'ingénieur de Recherche (IR) aura pour premier objectif d'inventorier et de tester les méthodes couplant Flux Balance Analysis (FBA) et computational based modeling (CBM) déjà disponibles et pour la plupart développées pour les microorganismes. L'IR devra ensuite utiliser un nombre restreint de jeux de données métaboliques spécialisés (par exemple sous contrainte biotique ou autre) pour évaluer les différentes méthodes et outils disponibles. Il sera sous la supervision de l'ensemble du GT MétaSpé SPS. Il/elle bénéficiera des supports des plateformes de chimie et des équipes en bioinformatique et modélisation statistique du réseau SPS. Des collaborations avec des équipes hors du réseau SPS seront aussi développées dans ce cadre.

Profil recherché
Le profil recherché correspond à un(e) chercheur(se) bioinformaticien(ne) ayant une expertise dans les algorithmes d'apprentissage machine ou profond appliqués aux données omiques. Une expertise ou une formation en modélisation statistique est souhaitée et une expérience dans l'analyse des flux métaboliques serait appréciée.

Les compétences recherchées
- Bioinformatique (intelligence artificielle)
- Modélisation statistique
- Fluxomique

Modalités de candidature
Un dossier de candidature comportant une lettre de motivation et un CV détaillé incluant deux référents scientifiques doit être envoyé à Jean-Denis Faure
Les candidatures seront acceptées jusqu’à ce que le poste soit pourvu.
Les candidats dont le dossier aura été retenu seront invités à passer un entretien.


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Un contrat post-doctoral dans le domaine de la modélisation des flux métaboliques

Statut : CDD
Durée
: 1 an
Niveau d’étude attendu
: Doctorat
Salaire
: selon expérience professionnelle antérieure, entre 2400 euros et 2600 euros brut

Localisation du poste :
Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Versailles, France, en relation régulière avec l’Institut de Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2), Gif-sur-Yvette, France

Prise de fonction : à partir du 01/04/2021 au plus tôt

Encadrement direct : Jean-Denis FAURE, équipe Différenciation et polarité cellulaire (DIPOL) IJPB

Coordination scientifique :
Etienne DELANNOY,
équipe "SPOmics : Interactome, Métabolome, Transcriptome" (SPOmics), IPS2
Bertrand GAKIERE,
équipe "Signalisation, régulation et interactions métaboliques" (MetaboActions), IPS2
Marie-Laure MARTIN-MAGNIETTE,
équipe "Réseaux génomiques" (GNet), IPS2
Grégory MOUILLE,
équipes Observatoire du Végétal - Chimie/Métabolisme (PO-Chem) (& Adhésion cellulaire et communication intercellulaire (ACCI)), IJPB
Loïc LEPINIEC,
équipe Développement et qualité de la graine (SEEDEV), IJPB
Massimiliano CORSO,
équipe Développement et qualité de la graine (SEEDEV), IJPB