Chaire de Professeur.e Junior.e AgroParisTech à pourvoir à l’IJPB

Pour répondre aux défis de la transition vers une agriculture durable, le développement de systèmes de culture plus agroécologique devient une priorité mais présente des verrous limitant leur mise en œuvre en particulier par la complexité de ces nouveaux dispositifs de culture avec l’introduction de plantes de services et la diversification des rotations. L’objectif de la chaire de Professeur.e Junior.e serait de proposer une offre intégrée de formations et d’expertises sur des technologies d’édition génomique (EG) et leur utilisation pertinente dans un contexte de transition agroécologique. L’approche sera multi-critères et multi-échelles, allant du laboratoire au champ mais également du déterminisme du caractère d’intérêt à sa valorisation dans des variétés et des systèmes de culture en accord avec les principes de l’agroécologie. Ce projet de chaire s’inscrit ainsi pleinement dans les schémas stratégiques d’AgroParisTech et de 3 de ses départements (SVS, SIAFEE et MMIP) ainsi que du département BAP d’INRAE. La chaire permettra de fédérer des activités de recherche de 3 UMR AgroParisTech-INRAE, IJPB, ECOSYS et MIA Paris-Saclay.

Cadrage général du profil
Missions d’enseignement
La personne recrutée participera activement aux enseignements des cursus Ingénieurs (1A, 2A, 3A, apprentissage) et Master (par exemple mention BIP, Biologie Intégrative et Physiologie) d'AgroParisTech. Elle pourra également contribuer à la formation continue et à la formation doctorale. La personne recrutée aura l'opportunité de réviser les contenus des enseignements existants et de créer des unités d'enseignement spécifiques interdisciplinaires et multi-échelles contribuant à la transition agroécologique. Le projet de chaire s’inscrit dans l’intégration de stratégies associant agronomie, écophysiologie, modélisation mathématique des réseaux de gènes et création variétale ciblée par édition de gènes dans des modules d'enseignement théoriques et pratiques. La chaire représentera une opportunité unique de mettre en place des enseignements interdisciplinaires favorisant les approches par la pratique (par exemple création d’un FabLab, phénotypage en parcelles expérimentales, co conception et conception innovante) et utilisant l’ensemble des compétences requises pour évaluer de façon systémique l’intégration de ces nouvelles variétés dans des agrosystèmes adaptés. L’enseignement sera réalisé au cours d’une période de cinq années pré-titularisation avec une montée en volume progressive de l’activité d’enseignement (à définir sur la base de 64 heures équivalent TD la première année et une évolution vers un service complet de 192 heures équivalent TD pour la titularisation au terme des 5 ans).

Mission de recherche
La mission de recherche de la CPJ à AgropParisTech se déclinera autour d’expertises existantes dans les 3 départements SVS, SIAFEE et MMIP : expertise dans la génomique fonctionnelle, l’édition de gène et la sélection phénotypique (SVS), la construction de modèles culturaux et écophysiologiques et la caractérisation phénologique de systèmes multi-espèces (SIAFEE) et la construction de réseaux de gènes et de mise en
place/analyse statistique de plan d’expériences complexe (MMIP). La plus-value de la CPJ sera de faire dialoguer ces expertises pour arriver à
intégrer dans une démarche cohérente l’identification d’idéotypes, la sélection de traits adaptés, l’identification de gènes cibles potentiels, la
création et sélection variétales et enfin l’évaluation agronomique.

La CPJ développera un recherche autour de 3 axes complémentaires
(i) identifier les espèces et les idéotypes les plus adaptés à une approche d’édition génomique (EG) pour la transition agroécologique (par exemple
l’adaptation à l’interculture, la culture en mélange ou l’agriculture de conservation)
(ii) identifier les gènes ou allèles cibles nécessaires à la création des idéotypes choisis et évaluer leur impact en conditions réelles
(iii) créer de la diversité génétique et sélectionner les variétés les plus adaptées. La chaire participera également à l’évaluation de lignées EG, du génotypage jusqu’au phénotypage au champ dans le cadre du PEPR « sélection végétale avancée ». Sur le court terme, il s’agira de construire le projet autour de l’association Brassicacée-légumineuses en faisant converger deux dispositifs déjà opérationnels. Le premier concerne l’édition d’une Brassicacée de diversification, la cameline pour laquelle des plantes éditées modifiées pour des traits potentiellement pertinents pour l’interculture d’été ou la culture mixte avec la lentille (floraison, architecture aérienne) sont déjà disponibles. L’expertise agronomique accumulée par l’IJPB sur ces différents systèmes de culture et impliquant la cameline permettra une mise en place rapide de dispositifs expérimentaux pouvant alimenter un futur modèle écophysiologique sur cette espèce de diversification. Le second concerne le modèle écophysiologique Brassicacée-légumineuse développé par ECOSYS pour le mélange colza-féverole qui permet déjà de tester différentes structures de couvert végétaux qui pourront définir de premiers idéotypes. Ce modèle sera adapté au mélange cameline/lentille. La proximité génomique entre la cameline et le colza permettrait d’identifier chez ce dernier des caractères cibles de l’édition.

Compétences recherchées
La personne tenante de la CPJ devra être capable de combiner des compétences en édition génomique et physiologie de caractères complexes. Il devra être capable d’utiliser les nouveaux outils d’analyse des génomes (synténie et pangénomes, réseaux transcriptionnels). La personne recrutée devra être capable de contribuer au phénotypage agronomique, l’utilisation de modèles écophysiologique et l’accompagnement statistique de plan d’expériences complexes. Elle devra être capable d’interagir avec des experts en agronomie, écophysiologie et des modélisateurs en réseaux géniques. Enfin, une expérience en enseignement et en encadrement de la recherche est souhaitée.

Etablissement
AgroParisTech est un établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel de type grand établissement. Placé sous la tutelle des ministres chargés de l’agriculture et de l’enseignement supérieur, ses domaines de compétence recouvrent l’alimentation des hommes et les préoccupations nutritionnelles, la santé, la prévention des risques sanitaires, la protection de l’environnement, la gestion durable des ressources
naturelles et, d’une manière plus générale, la valorisation des territoires.
L’établissement est organisé en cinq départements de formation et de recherche :
> Sciences et ingénierie agronomiques, forestières, de l’eau et de l’environnement (SIAFEE)
> Sciences de la vie et santé (SVS)
> Sciences et procédés des aliments et bio-produits (SPAB)
> Sciences économiques, sociales et de gestion (SESG)
> Modélisation mathématique, informatique et physique (MMIP)
AgroParisTech assure des formations de niveau « M » (ingénieur et master), de niveau doctoral et des
formations post-master. Il contribue aussi à la formation des fonctionnaires du corps des ingénieurs des ponts,
des eaux et des forêts et remplit des missions de formation continue auprès d’une grande diversité de publics,
d’entreprises privées et de la fonction publique.
AgroParisTech est membre fondateur de l’Université Paris-Saclay.

Le département de formation et de recherche auquel sera rattaché  le ou la professeur.e à recruter
Au sein d’AgroParisTech, le département SVS s’intéresse à la biologie et à ses applications agronomiques en relation avec les secteurs professionnels et les problématiques sociétales liés aux productions agricoles végétales et animales, aux biotechnologies et industries de biotransformation, à l’écologie et à la biodiversité, à l’alimentation et la santé humaines. Le département SVS fournit pour cela des expertises disciplinaires qui se répartissent entre des disciplines de bases de la biologie (biochimie et biologie structurale ; biologie moléculaire, cellulaire et intégrative ; génétique moléculaire, quantitative et fonctionnelle ; génétique évolutive ; physiologie intégrative et métabolisme), des disciplines de biologie plus spécifiquement liées à des domaines d’application (microbiologie ; physiologie et pathologie végétales ; amélioration des plantes et des animaux ; nutrition, physiologie, comportement et bien-être d’espèces animales ; nutrition, physiologie, toxicologie et comportement alimentaire humains), et des expertises transdisciplinaires intégrées (écologie, ingénierie écologique, écologie industrielle, agroécologie, chimie verte, épidémiologie, approches systémiques, modélisation des systèmes complexes, biovigilance et bioéthique).

UFR à laquelle sera rattaché le ou la professeur.e à recruter
La personne recrutée sera rattachée à l'Unité de Formation et de Recherche (UFR) de Physiologie Végétale d'AgroParisTech. Cette UFR est chargée d'enseigner et de mener des recherches dans le domaine de la physiologie des plantes, de la biologie cellulaire et moléculaire végétale, de la génomique fonctionnelle et des biotechnologies végétales.

UMR à laquelle sera rattachée le ou la professeur.e à recruter
La personne recrutée intègrera l'Institut Jean-Pierre Bourgin (IJPB), Unité Mixte de Recherche INRAE-AgroParisTech (UMR1318), localisée sur le site INRAE de Versailles. Les activités de recherche de l’IJPB portent sur le développement et la physiologie des plantes, et leurs interactions avec l’environnement biotique et abiotique. L'IJPB est un centre de recherche européen de premier plan qui favorise une approche multidisciplinaire, allant de la recherche fondamentale à des applications pour une agriculture durable. La personne recrutée sera intégrée au sein de l’équipe équipe "Dynamique et Ingénierie des Compartiments Lipidiques" DECLIC qui s'intéresse aux rôles du métabolisme des lipides au cours du développement des plantes et en réponse aux stress abiotiques et biotiques.

Une recherche développée à l’Institut Jean-Pierre Bourgin - Sciences du Végétal en collaboration.