La bio-analyse à l’honneur dans le réseau SPS

Le groupe de travail SPS bioinformatique a été créé en 2019. Il est animé par Nicolas Bouché (IJPB) et Étienne Delannoy (IPS2), se réunit tous les mois et regroupe une quinzaine de bio-informaticiens répartis dans les cinq instituts qui composent le réseau SPS (IJPB, IPS2, BIOGER, I2BC, GQE).  

L’objectif du groupe bioinformatique est de former la communauté de chercheurs/étudiants SPS en bioanalyse, avec une dotation de 1.5 millions sur quatre ans. Pour cela, le groupe s’appuie sur la communauté de bio-analystes existante au sein de SPS, en favorisant les interactions et le partage d’expertise, par exemple à travers des réunions annuelles dont la dernière s’est déroulée le 6 octobre à l’IJPB. Des formations sont également organisées plusieurs fois par an (analyse de données RNA-seq ; annotations des génomes...).  

En 2023, trois contrats doctoraux de trois ans, dont l’attribution se fera à l’issue d’un concours similaire à celui des écoles doctorales, seront proposés pour des projets à l’interface entre la biologie végétale et la bio-analyse. Les équipe de SPS peuvent répondre à l’appel d’offre ouvert jusqu’au 15 décembre.  

Le groupe de travail bioinformatique soutient également des projets en mettant à disposition des équipes de recherche un.e bio-informaticien.ne recruté.e par le réseau SPS pour des projets de bio-analyses de 3 ou 6 mois.
L'appel d’offres pour répondre à ces projets est ouvert deux fois par an.

Les projets IJPB soutenus en 2021 et 2022 (6 mois)
> Projet SAPTICoN "Stable Analytical Pipelines for the Transcriptomes of Isolated Cells or Nuclei" 2021, porteur : Pierre Hilson, équipe "Biologie cellulaire et régénération" BCR
> Projet MetAnnotation "Improvin g the annotation of the plant specialized metabolome", 2021, porteur : François Perreau, équipe  "Observatoire du Végétal - Chimie/Métabolisme" OV-Chem
> Projet  multiCRISPR2022 "Génotypage CRISPR multiplex par séquençage Pacbio", porteur : Jean-Denis Faure, équipe "Différenciation et polarité cellulaire" DIPOL

Les bioinformaticien.ne.s SPS et le groupe de travail : contact